Auf Initiative von Herrn Dieter Knoch gründeten sieben Interessierte Anfang Dezember 1959 in Freiburg eine ornithologische Arbeitsgemeinschaft. Von diesen sieben Gründungsmitgliedern sind heute noch vier in der Fachschaft aktiv. Gemeinsame Exkursionen und Zählungen sowie regelmäßige Treffen in den Räumen des damaligen Zoologischen Instituts der Universität Freiburg begeisterten auch andere, so dass auf einer Adressenliste von 1962 schon mehr als 30 Namen von Mitarbeitern verzeichnet waren.

Die ornithologische Arbeitsgemeinschaft trat im Februar 1961 dem Badischen Landesverein für Naturkunde und Naturschutz bei, nach dessen Satzung „Fachschaften“ als Untergliederungen gebildet werden konnten. Der Name Fachschaft für Ornithologie entstand in dieser Zeit. Nachdem sich verstärkt Bindungen an den damaligen Deutschen Bund für Vogelschutz (heute NABU) ergaben, wechselte die Fachschaft im November 1972 unter Beibehaltung ihres Namens zur Kreisgruppe Freiburg des heutigen NABU. Kurz danach entschied sich die Gruppe für den Alpensegler als Emblem der Fachschaft, der damals in Freiburg noch die einzigen Brutplätze in Deutschland besaß. Von 1970 an entwickelte die Fachschaft für Ornithologie im Winterhalbjahr ihr öffentliches Vortragsprogramm. Unser Veranstaltungsort war von Anfang an der „Kurssaal“ des Zoologischen Instituts in Freiburg – mit dem Institut wechselten wir seit 1997 in den Hörsaal des neu erbauten Instituts für Biologie I in der Hauptstraße. Die jahrzehntelange Gastfreundschaft der Institutsleitung hat die Entwicklung der Fachschaft für Ornithologie wesentlich gefördert .
Nach der Ausweitung des Arbeitsgebiets auf die Landkreise Ortenau und Lörrach wurde die Gruppe als Arbeitsgruppe des NABU-Landesverbandes mit dem heutigen Namen Fachschaft für Ornithologie Südlicher Oberrhein geführt. Aus vereinsrechtlichen Gründen organisierte sich die Fachschaft 1994 als e.V. im NABU. Alte Bindungen an die regionalen NABU-Gruppen blieben davon unberührt und bestehen bis heute.
Seit ihrer Gründung 1959 ist die Fachschaft mit drei Vorsitzenden „ausgekommen“: Dieter Knoch 1959 bis 1969, Karl Westermann 1969 bis 1972 und seit 1989, Helmut Opitz 1972 bis 1988. Helmut Opitz, führendes Mitglied der Fachschaft seit ihren frühen Jahren, ist seit 1988 auch Mitglied des Präsidiums im NABU-Bundesverband und seit 1996 NABU-Vizepräsident. Die Fachschaft für Ornithologie Südlicher Oberrhein hat heute etwa 120 überwiegend aktive Mitglieder, viele davon mit einer jahrzehntelangen Tätigkeit in der Gruppe.
In den ersten Jahren nach 1959 standen systematische Wasservogelzählungen und Zugplanbeobachtungen am Feldberg und Schauinsland im Vordergrund. 1967 begann mit der Arbeit im heutigen NSG „Taubergießen“ die Zeit der systematischen Bestandsaufnahmen unter Beteiligung vieler Beobachter. Kenntnisse über Vorkommen und Bestände gefährdeter Vogelarten waren in der Folge die wissenschaftliche Basis für Forderungen zur Ausweisung von Schutzgebieten. Ein herausragendes Ergebnis auf diesem Wege war ein flächendeckendes Naturschutzgebiets-Konzept für die südbadische Oberrheinebene, das die Fachschaft für Ornithologie Südlicher Oberrhein 1975 vorlegte. Es war damals allen Planungen des amtlichen Naturschutzes weit voraus. Heute kann mit Freude und Genugtuung festgestellt werden, dass die damaligen Gebietsvorschläge als Naturschutzgebiete realisiert sind oder als EU-Vogelschutz-/FFH-Gebiete wenigstens auf der „Warteliste“ für einen strengeren nationalen Schutzstatus stehen.
Das Schutzkonzept der Fachschaft von 1975 basierte noch ausschließlich auf den Daten zur Avifauna und war daher aus heutiger Sicht nur eine eingeschränkte Basis für die Feststellung der Naturschutzwürdigkeit eines Gebietes. Mit den ersten umfangreichen Kartierungen von Libellenvorkommen ab 1977 begann eine Weiterentwicklung zu einer kompetenten Naturschutzgruppe. In den nächsten zwei Jahrzehnten folgten Erfassungen von Arten aus verschiedenen weiteren Tiergruppen, von Wasserpflanzen sowie von Lebensräumen und Biotopen, die einzelne Mitarbeiter oder kleine Gruppen durchführten.
Im Laufe der Jahre wuchsen mit der Kompetenz auch die Verpflichtungen der Fachschaft stark an. Dennoch blieb die entscheidende Grundlage unserer gemeinsamen Arbeit, das Beobachten von Tieren und Pflanzen, ein wichtiges Anliegen. Schließlich sind wir alle ehrenamtlich tätig und sehen die Arbeit in der Fachschaft als sinnvolle und schöne Freizeitgestaltung, zu der aufregende Begegnungen in und mit der Natur unbedingt dazugehören.